Θέματα Βιοχημείας Ι

(Ιανουάριος 2015)

 1. Να γράψετε το παρακάτω εξαπεπτίδιο: αργινίνη – μεθειονίνη – γλουταμινικό – τρυπτοφάνη – τυροσίνη – λυσίνη. Ποιά από τα παραπάνω αμινοξέα υφίστανται τροποποιήσεις και τι τροποποιήσεις υφίστανται; Μπορείτε να ξαναγράψετε το εξαπεπτίδιο με τα τροποποιημένα αμινοξέα;

2.α) Να γράψετε τις ιονισμένες μορφές της ιστιδίνης. Ποιο είναι το καθαρό φορτίο κάθε φορά;
2.β) Να γράψετε την ιονισμένη μορφή της ιστιδίνης σε pH 1,4,6 και 12. Αν για κάθε τιμή pH βάλουμε την ιστιδίνη σε ηλεκτρικό πεδίο, αυτή θα κινηθεί προς την άνοδο ή προς την κάθοδο. Δίνονται για την ιστιδίνη: pK1 = 1,82 pK2 = 6,00 και pK3 = 9,17.

3. Πώς το πρωτοκολλαγόνο μετατρέπεται σε κολλαγόνο;

4. Ποιός είναι ο ρόλος του ATP και σε ποιες αντιδράσεις παίρνει μέρος;

5. Πώς χρησιμοποιούνται οι λιγάσες σε κυτταρικό επίπεδο και πώς σε εργαστηριακό in vitro επίπεδο;
6. Να γράψετε τον κύκλο του Krebs με τις χημικές αντιδράσεις. Σε ποιές αντιδράσεις γίνεται αναγωγή συνενζύμων;

7.α) Να γράψετε το συντακτικό τύπο του παρακάτω τρινουκλεοτιδίου pdGpdApdC. Ποιό είναι το συμπληρωματικό προς αυτό τρινουκλεοτίδιο;
7.β) Σας δίνετε ένα τμήμα DNA, που περιέχει 400 ζεύγη βάσεων. Πόσες βάσεις πουρίνης και πυριμιδίνης περιέχει το παραπάνω τμήμα DNA;

8. Τί είναι υπερχρωμία στο DNA; Τί είναι το σημείο τήξεως του DNA; Τί είναι η χρωματίνη και τί τα νουκλεοσώματα; Τί είναι τα πλασμίδια;


(Ιανουάριος 2016)

1.α) Να γράψετε τις ιονισμένες μορφές της ιστιδίνης. Ποιο είναι το καθαρό φορτίο κάθε φορά;
1,β) Να γράψετε την ιονισμένη μορφή της ιστιδίνης σε pH 1.5, 4, 6 και 9. Αν για κάθε τιμή pH βάλουμε την ιστιδίνη σε ηλεκτρικό πεδίο, αυτή θα κινηθεί προς την άνοδο ή προς την κάθοδο. Δίνονται για την ιστιδίνη: pK1 = 1,82 pK2 = 6,00 και pK3 = 9,17.

2. Σερίνη, βαλίνη, γλουταμίνη, λευκίνη, μεθειονίνη, ισολευκίνη, ασπαραγινικό οξύ, γλουταμινικό οξύ, κυστεΐνη – S – S- κυστεΐνη, φωσφοσερίνη:
α) Ποια από αυτά τα αμινοξέα μπορούν να βρεθούν στο εσωτερικό μιας σφαιρικής πρωτεΐνης και ποιά θα προεξέχουν στο εξωτερικό τμήμα της; Αιτιολογήστε. Πού θα βρίσκεται ο δισουλφιδικός δεσμός του διμερούς κυστεΐνης και γιατί;
β) Ποιό αμινοξύ θα μπορούσε να βρεθεί στο Ν – τελικό άκρο της πρωτεΐνης και ποιά στο καρβοξυ – τελικό άκρο;

3. Ποιά η δομή του κολλαγόνου; Βιοσύνθεση κολλαγόνου.

4. Αλλοστερικός έλεγχος λειτουργικών πρωτεϊνών. Τί γνωρίζετε; Αναφέρατε αναλυτικά ένα από τα δύο μοντέλα που έχουν προταθεί για την εξήγηση των αλλοστερικών φαινομένων.

5. Κινητική ενζυμικών αντιδράσεων. α) Σταθερά Michaelis Km: ποιά η φυσική σημασία της; β) Σχεδιάστε το διάγραμμα των επιπτώσεων στην καμπύλη Lineweaver – Burk παρουσία i) συναγωνιστικού και ii) μη συναγωνιστικού αναστολέα.

6. Κύκλος του Krebs: να γραφούν οι χημικές αντιδράσεις στις οποίες συμμετέχουν συνένζυμα. Ποιος ο ρόλος αυτών των συνενζύμων;

7.α) Να γράψετε το συντακτικό τύπο του παρακάτω τρινουκλεοτιδίου pdGpdApdC.
7.β) Σας δίνετε ένα τμήμα DNA, που περιέχει 400 ζεύγη βάσεων. Πόσες βάσεις πουρίνης και πυριμιδίνης περιέχει το παραπάνω τμήμα DNA;

8. Τι είναι υπερχρωμία στο DNA; Τί είναι το σημείο τήξεως του DNA; Τι είναι η χρωματίνη και τι τα νουκλεοσώματα; Τι είναι τα πλασμίδια;


(Ιανουάριος 2017)

1. Δίνεται πεπτίδιο το οποίο αποτελείται από τα εξής αμινοξέα: ασπαραγινικό οξύ, κυστεΐνη, αργινίνη, ιστιδίνη, γλουταμινικό οξύ και τρυπτοφάνη. Να γράψετε το παραπάνω εξαπεπτίδιο. Να αναφέρετε ποιά από τα παραπάνω αμινοξέα θα έχουν ιονισμένες τις πλευρικές τους αλυσίδες σε pH 5, 7, 9 και 13.

2. Πώς τα ένζυμα ελέγχουν αμφίδρομα τη δράση τους;

3. Δίνεται αναστολέας, ο οποίος χαρακτηρίζεται από αμετάβλητη Km και μειούμενη Vmax. Χαρακτηρίζεται ως συναγωνιστικός ή μη συναγωνιστικός; Να κάνετε την αντίστοιχη γραφική παράσταση 1/v προς 1/S.

4. Ένας φίλος σας πάσχει από σκορβούτο. Εξηγήστε του, επιστημονικά, σε ποια πρωτεΐνη οφείλεται η νόσος του και τα στάδια που ακολουθεί η ωρίμανση της πρωτεΐνης στο φυσιολογικό άτομο.

5. Τι κοινό έχουν οι α – έλικες και τα β – πτυχωτά φύλλα; Στη τριτοταγή δομή των πρωτεϊνών είναι ικανοί οι δεσμοί υδρογόνου να τη διατηρήσουν, παρόλο του ασθενούς τους χαρακτήρα;

6. Κύκλος του Krebs: Ποιά συνένζυμα ανάγονται και σε ποιες αντιδράσεις; Που χρησιμέυουν αυτά;

7. α) Να γράψετε το συντακτικό τύπο του παρακάτω τρινουκλεοτιδίου pdΑpdTpdG. Ποιό είναι το συμπληρωματικό προς αυτό τρινουκλεοτίδιο;
7, β) Εάν νουκλεϊκό οξύ περιέχει 20% αδενίνη, θα αυξηθεί ή θα μειωθεί το σημείο τήξης;

8. Τι είναι υπερχρωμία στο DNA; Τί είναι η χρωματίνη και τί τα νουκλεοσώματα; Τί είναι τα πλασμίδια; Γιατί ο ανθρώπινος οργανισμός δε μπορεί να διασπάσει τη κυτταρίνη;